Se ha estimado en 5.400 años de diversificación lingüística, por medios glotocronológicos.

Sin embargo, algunos autores han propuesto que está lejanamente emparentada con el bora-huitoto por lo que se ha propuesto la macrofamilia hipotética lenguas bora-witoto-andoque formada por tres ramas: Fuera de esa propuesta, el proyecto de comparación sistemática ASJP[3]​ encuentra la mayor cercanía léxica del Bora-Witoto con las lenguas záparas,[4]​ sin embargo, dicha similitud podría deberse a razones accidentales o a préstamos léxicos y no es prueba en firme de parentesco.

Aschmann (1993) proporcionó una reconstrucción fonológica y léxica del proto-bora-witoto.

Sobre la gramática del idioma bora una buena referencia es Thiesen (1996) y sobre el witoto una referencia estándar es Minor y Loos (1963), también Wise (1999).

La siguiente lista compara los numerales en cuatro lenguas bora-witoto:[5]​