Pese a sus muchas características ventajosas, el Lee-Metford resultaba un tanto anacrónico porque disparaba un cartucho cargado con pólvora negra.
Cuando entró en servicio, el diseño de fusiles había cambiado a usar cartuchos de pequeño calibre cargados con pólvora sin humo, que permitía disparar las balas a velocidades mucho más altas sin producir mucho humo y hollín.
El reemplazo de los fusiles Lee-Metford tomó varios años en llevarse a cabo, todavía estando en servicio con algunas unidades durante la segunda guerra bóer en 1899.
Pero el inicio de la Primera Guerra Mundial canceló el proyecto y el muy adaptable Lee-Enfield continuó en servicio por cincuenta años más.
El Lee-Metford también fue producido para el mercado civil y empleado por tiradores deportivos hasta el inicio de la Primera Guerra Mundial, porque era considerado más preciso que el Lee-Enfield.
En este contexto, los cañones y cabezales del cerrojo podían ser reemplazados con tanta frecuencia como el propietario quisiese, o pudiese, pagar.
Quedó como armamento de reserva en muchos territorios del Imperio británico hasta la Segunda Guerra Mundial, siendo suministrado a la Home Guard neozelandesa y a los Cuerpos Voluntarios de Defensa australianos hasta que se pudo obtener fusiles más modernos.