En dos años con los cosacos, Allen solo permitió una captura de quarterback y fue dos veces All-American.
Durante la temporada senior de Allen, el equipo estableció una marca escolar con 334 yardas corridas contra Cal State Pioneers, y jugó en el East-West Sanrine Game y el Senior Bowl.
[6] Allen fue el décimo liniero ofensivo seleccionado en el draft y el primer jugador elegido de Sonoma State Cossacks.
[7] En 1994 Allen fue titular en 10 partidos de temporada regular rotando entre guard y tackle.
Durante la temporada empató a Burton Lawless en 1975 y Kevin Gogan en 1987 por la cantidad de más inicios en la línea ofensiva como novato en la historia del club en ese momento, Flozell Adams rompería el récord en 1998.
Allen ayudó a Dallas a establecer un récord de equipo al permitir sólo 20 capturas que suman sólo 93 yardas (el más bajo en la NFL) mientras ganaba honores de novato.
Allen se vio obligado a ser titular a solo cuatro juegos de iniciada la temporada en su año de novato cuando Mark Tuinei sufrió espasmos en la espalda ante los Washington Redskins.
Jugó su primer partido como titular en la NFL como tackle izquierdo, reemplazando a un lesionado Tuinei contra los Arizona Cardinals.
Recibió la pelota de juego, junto con Tuinei, por ayudar a mantener a los New Orleans Saints sin capturas en una victoria del lunes por la noche en Nueva Orleans el 19 de diciembre.
Allen se torció el tobillo izquierdo durante el partido, pero volvió a jugar.
La línea ofensiva de Dallas lideró la liga al permitir sólo 19 saques, un récord del equipo establecido el año anterior.
En 1997 Allen, a pesar de ser movido entre guard y tackle durante la temporada, fue seleccionado a su tercer Pro Bowl consecutivo como guard y ganó honores del primer equipo All-Pro.
Allen regresó a la alineación titular tras la semana de despedida contra los Chicago Bears el 28 de septiembre, pero se vio obligado a irse en el segundo cuarto con la insuficiente fuerza en su pierna izquierda para bloquear con eficacia.
Debutó en su nueva posición como titular para la temporada contra los Arizona Cardinals y ayudó a Dallas a ganar 444 yardas totales (188 carreras); ambos totales fueron los más altos del equipo desde 1996.
Los Seattle Seahawks tuvieron la mejor defensa de la AFC en 1998 (11 capturas para 22 yardas) y salieron con solo un captura (en un fumble de Aikman), mientras que los Cowboys corridieron para 173 yardas.
En 1999, a pesar de comenzar en su tercera posición de línea ofensiva en otros tantos años y perdiéndose cinco juegos debido a una lesión, Allen fue seleccionado para su quinto Pro Bowl consecutivo mientras ganaba por consenso los honores All-Pro como guard.
Ayudó a liderar el camino cuando Emmitt Smith se convirtió apenas en el tercer jugador en los últimos 29 juegos en apurar para más de 100 yardas contra los Atlanta Falcons el 20 de septiembre, cuando corrió para 109 yardas.
Seis veces durante la temporada, los oponentes se consiguieron una captura o menos.
Allen jugó un papel clave en Dallas en el tercer puesto de la liga en correr en 136.5 yardas por partido.
Se cree que 2002 fue la primera vez que una franquicia de la NFL tuvo cinco afroamericanos en su línea ofensiva, cuando los Cowboys alinearon al centro novato Andre Gurode, los tackles Flozell Adams y Solomon Page, los guardias Allen y Kelvin Garmon.
Allen se torció el tobillo izquierdo en el segundo cuarto contra los Tennessee Titans el 15 de septiembre.
Luego estuvo inactivo después de los tres partidos para dejar que la lesión se curara.
Volvió a practicar la semana contra los Colts el 17 de noviembre, pero estuvo inactivo por cuarto partido consecutivo.
Sin embargo, jugaría contra los Falcons, pero agravó su brazo en el segundo cuarto y se quedó fuera de la mitad antes de regresar para la segunda mitad, ya que la ofensiva registró 403 yardas totales.
Sufrió un esguince en la rodilla izquierda en el segundo cuarto contra los Cardinals el 5 de octubre, pero regresó en la segunda mitad para ayudar a Dallas a en totalizar 365 yardas de ofensiva.
Comenzó su undécima temporada como titular a tiempo completo y su séptimo abridor consecutivo en la guardia izquierda en San Diego el 11 de septiembre.
En 2006, tres días después de ser liberado por los Dallas Cowboys, Allen fue firmado por los San Francisco 49ers como agente libre sin restricciones.
Para la temporada comenzó 11 partidos y estuvo inactivo durante cinco con un esguince en el ligamento colateral medial (MCL).
Allen comenzó como guardia izquierdo, pero abandonó el partido debido a un esguice en el ligamento colateral medial sufrido en el primer cuarto en Arizona el 10 de septiembre, y fue reemplazado por Tony Wragge.
Luego estuvo inactivo durante las siguientes cinco semanas debido al esguince del MCL.