Los sedimentos aportados por el Río San Fernando dividen a la laguna en dos cuencas diferenciadas entre sí sobre todo por el grado de salinidad.
Por su importancia pesquera destacan la trucha de mar y la corvina negra o tambor.
No obstante, resaltan especies características de la fauna antillana como por ejemplo el robalo y la mojarra.
Junto con su homónimo estadounidense la Laguna Madre forma uno de los ecosistemas laguneros más importantes del mundo.
Se supone que la Laguna Madre quedó cerrada al mar hace unos 3000 años.
Los españoles descubrieron y exploraron la zona desde el siglo XVI, dando su nombre actual a la laguna.
Debido al proceso natural de desecación, las bocas que comunicaban con el Golfo de México se encontraban prácticamente cerradas a mediados del siglo XX,[5] lo cual aisló a la laguna del mar abierto.
En la década de 1970, se construyeron las escolleras en los cuatro pasos existentes para controlar la conexión con el mar abierto.
[6] El ciclo del agua influye en la Laguna Madre para que este no se seque tan rápido, de manera eficaz, y así pueda estar fluyendo con tranquilidad y es por esa razón por la cual tiene ese cuerpo de agua.