Se ubica en las costas de la laguna Madre, en el noreste del estado.

Su cabecera municipal es la ciudad del mismo nombre.

San Fernando tiene una extensión territorial de 6 091.36 kilómetros cuadrados que representan el 6.88% de la extensión total del estado.

Limita al noreste con el municipio de Matamoros, al norte con el municipio de Río Bravo, al noroeste con el municipio de Méndez, al oeste con el municipio de Burgos, al sureste con el municipio de Cruillas, y al sur con el municipio de Abasolo y con el municipio de Soto la Marina.

[6]​ En el municipio de San Fernando se localizan 810 localidades, las principales y su población en 2005 se enlistan a continuación: El gobierno del municipio es ejercido por el Ayuntamiento, que es electo por voto universal, directo y secreto para un periodo de tres años que no pueden ser reelegidos para el periodo inmediato pero si de forma no continua, el ayuntamiento lo conforman el presidente municipal, dos síndicos y el cabildo formado por doce regidores, ocho electos por mayoría y cuatro por el principio de representación proporcional; todos entran a ejercer su cargo el día 1 de enero del año siguiente al que se llevó a cabo su elección.