Es uno de los remanentes del antiguo lago Makgadikgadi.
A pesar de que el lago se ha visto reducido drásticamente desde 1890, sigue siendo un importante hábitat para las aves y la fauna silvestre, especialmente en años de alta crecida.
El lago Ngami ha sido visitado por grandes personalidades durante los siglos XIX y XX; David Livingstone lo descubrió y describió en 1849 como un «brillante lago, de aproximadamente 80 millas (130 km) de largo y 20 de ancho».
Frederick Lugard encabezó una expedición británica al lago en 1896.
Arnold Weinholt Hodson pasó por la zona en su viaje de Serowe a las cataratas Victoria en 1906.