Durante las épocas más húmedas, esas dunas canalizaron el flujo de los grandes ríos de la zona, el Okavango, Cuando y Zambezi, hacia el este, acompañando el Limpopo, hasta el océano Índico.

Hace aproximadamente 2 millones de años, la formación de la falla conocida como el eje Kalahari-Zimbabue (Kalahari-Zimbabwe axis), que corre desde la capital de Zimbabue, Harare, pasando por la segunda mayor ciudad, Bulawayo, y termina en el lado oriental del Kalahari, creó una enorme cuenca y obligó a estos ríos a fluir en ella y llenar la cuenca.

Hace unos 10.000 años, la desecación del lago Makgadikgadi ya estaba en una etapa avanzada.

Como resultado, el agua del río Okavango se extendió sobre un área mucho mayor de tierra de lo que hacía anteriormente, formando el característico accidente del delta interior del Okavango, en forma de abanico, lo que redujo aún más el agua que fluía en el lago Makgadikgadi y aceleró su desaparición.

En tiempos modernos, la tierra permanece seca la mayoría del año y es un humedal estacional en los meses veraniegos lluviosos.