Lindando al sudeste con el delta del Okavango y rodeado por el desierto de Kalahari, Makgadikgadi no es, técnicamente, un único salar, sino muchas cuencas con arena del desierto en medio, siendo los mayores Sua (Sowa), Ntwetwe y Nxai Pans.[2] El lugar más bajo de la cuenca es Sua Pan con una elevación de 890 m.[3] A medida que el ancestral lago Makgadikgadi se redujo fue dejando costas relictas, que son más evidentes en la parte suroeste de la cuenca,[3] y se fueron formando numerosos pequeños lagos con costas cada vez más pequeñas.La temporada de lluvias también trae aves migratorias, como patos, gansos y grandes pelícanos blancos.Las únicas aves que permanecen aquí en la estación seca son las avestruces, Castaño Chorlo de doble collar (Charadrius pallidus) y el chorlito de Kittlitz (Charadrius pecuarius).Los pastizales en las afueras del cuenco son el hogar de reptiles como tortugas, varanos de la estepa (Varanus albigularis), serpientes y lagartos, como el endémico Makgadikgadi spiny agama (Agama hispida makgadikgadiensis).Los salares son muy inhóspitos y la intervención humana ha sido mínima, por lo que permanecen bastante inalteradas, aunque la tierra alrededor de las ollas se utiliza para el pastoreo y algunas áreas han sido cercadas para prevenir la migración de la fauna salvaje.En 1991, se iniciaron en Sua Pan modernas operaciones comerciales para extraer la sal y el carbonato de sodio, y también hay planes para desviar agua del río Nata para el riego, lo que podría causar graves daños al ecosistemo salino.En Nxai Pan todavía se pueden ver los baobabs pintados por el artista británico del siglo XIX Thomas Baines.
