Cuenta con una cúpula octagonal sostenida por un tambor que se apoya sobre los arcos de las bóvedas en el crucero.

Sobre la entrada del templo se encuentra el coro con una balaustrada de madera barnizada.

El altar mayor está dedicado al Señor del Santo Sepulcro.

La capilla que se encuentra al lado izquierdo del altar mayor está dedicada al Sagrado Corazón de Jesús, cuya efigie es custodiada por los arcángeles Migue y Gabriel.

A la derecha está una capilla donde se encuentra una ventana por la que es posible observar la imagen original del Señor de La Cuevita.

Atrás del presbiterio está la cueva que menciona el relato, y a un lado la capilla penitencial.

Los altares laterales están dedicados al Sagrado Corazón de Jesús y a la Virgen del Monte Carmelo.

Al día siguiente, cuando quisieron continuar su camino encontraron que la imagen había aumentado notablemente su peso, haciendo imposible cargarla.

[2]​ Para la gente de aquella época, esto significaba que la efigie había elegido quedarse en ese lugar.

En 1833, el cólera morbus azotó varias partes de la República Mexicana.