Días después de fundada la villa fue trasladada a Quiauixtlán en donde permaneció hasta 1525.

Ello provocó que las actividades de la aduana, la hacienda real y el comercio que se realizaban en la antigua Ciudad de Veracruz se transfirieran a la nueva ciudad.

La mayor parte de sus habitantes se mudó a la nueva ciudad, así como los conventos y los hospitales.

La ciudad no desapareció pero el número de habitantes era mínimo, continuó funcionando la alcaldía mayor y la parroquia.

En los siguientes siglos, la población siguió siendo pequeña aunque con el título de ciudad.

Este logro fue posible en parte gracias a Francisco S. Lara, un acaudalado propietario y destacado alcalde de La Antigua, quien donó terrenos y materiales para la construcción del ferrocarril.

[23]​ Para su régimen interior, el municipio además de tener una cabecera y manzanas, se divide en rancherías y congregaciones, teniendo estas últimas como titulares a los subagentes y agentes municipales, que son electos mediante auscultación, consulta ciudadana o voto secreto en procesos organizados por el Ayuntamiento.

[24]​ En el municipio se cuenta con ocho congregaciones, las cuales son El Modelo, Nicolás Blanco, Playa Oriente, La Antigua, Salmoral, La Posta, José Ingenieros y Pureza.