La temática de la novela ha causado controversia y fue un factor decisivo para que la Iglesia Ortodoxa Griega decidiera excomulgar a Kazantzakis.
Una vez allí se purifica y empieza su tarea evangelizadora seguido siempre por Judas, zelote a quien habían encomendado matarlo pero que al final acaba siendo su mejor discípulo.
Esa es justamente la razón por la que Jesús le confía la misión de traicionarlo.
Jesús sigue los consejos del ángel y huye con María Magdalena.
Entonces se acercan todos los apóstoles a verlo, y le recriminan el no haber consumado su Pasión.