En esos días, pudo leer en una biblioteca de Múnich una obra del médico Johann Siegmud Hahn y encontrar su enfermedad.
Al poco tiempo se sanó y recuperó completamente su vitalidad contra todo pronóstico médico, llegando a vivir 50 años más de lo dicho por los especialistas.
Con el correr de los años se ordena sacerdote y es enviado como párroco a distintos pueblos y ciudades hasta llegar a Wörishofen, como confesor en el Monasterio de las Dominicas.
Su sistema médico natural se basaba en los siguientes pilares: Kneipp populariza la Hidroterapia, predicaba el llevar una vida sencilla, y un hecho importante fue que añadió a las prácticas naturistas el uso de la tierra y las plantas medicinales inofensivas 3, antes no tomadas en cuenta como parte de la medicina natural.
Kneipp elaboró toda una teoría sobre la utilización del agua y los cambios térmicos debidos a estos tratamientos mediante hidroterapia.