Su «doctrina térmica» sostiene que cualquier enfermedad (cualquiera sean sus síntomas o manifestaciones), se debe a un proceso de fiebre interna (en el área intestinal y del estómago), a la vez de una temperatura menor en la piel.

[2]​[3]​ Nació en Santiago, hijo de Eleazar Lezaeta Roldán y Mercedes Acharán Adriasola, que formaron una familia de 15 hijos (entre los que se contaba el ingeniero y político Eleazar Lezaeta Acharán).

Ese año, debido a su vida disipada, enfermó de sífilis y gonorrea simultáneamente.

Durante nueve años (1900-1909), Manuel Lezaeta continuó al lado del padre Tadeo de Wiesent, estudiando escritos de los precursores del naturismo como el hidroterapeuta checo Vincent Priessnitz (1799-1851) o el sacerdote dietista Sebastian Kneipp (1821-1897), entre otros, hasta que el padre Tadeo marchó a Colombia a probar su tratamiento con leprosos.

Realizó múltiples viajes para divulgar su doctrina de salud por todo Chile y numerosos países como Argentina, Bolivia, varios países de Centroamérica, México y Estados Unidos, donde dejó seguidores.

La medicina natural enunciada por Manuel Lezaeta Acharán y continuada por su hijo, Rafael Lezaeta Pérez-Cotapos se encuentra influida por las enseñanzas del padre Tadeo de Wiesent, quien tuvo contacto con fuentes de la medicina popular chilena ―en concreto, con prácticas tradicionales mapuches―.

Esta institución ―pionera de medicina natural en Chile― ha formado a muchos «médicos» naturistas, sin embargo, desde hace muchos años se ha convertido sólo en un negocio para generar dinero debido a los elevados costos de los tratamientos naturales, que por si son económicos, y totalmente alejado del espíritu original con que Manuel Lezaeta Acharán creo este centro de salud natural.

[cita requerida] Manuel Lezaeta Acharán fue perseguido por ejercicio ilegal de la medicina, ya que no contaba con titulación médica.