El decreto estaba firmado por don Manuel Bulnes Prieto, presidente de la República .

El primer Rector del establecimiento fue el religioso Vicente Duboize ss.cc, acompañado por los presbíteros Pedro Romero ss.cc, Juan de la Cruz sscc, y Pacomio Olivier ss.cc.

Ese año el establecimiento contaba con 110 alumnos, todos internos, los que seguían un estricto régimen de estilo conventual.

Durante esta primera etapa se consolidan dos fiestas que, durante largo tiempo serán parte de las prácticas comunes de la comunidad escolar: el festividad del Sagrado Corazón y el día del Padre Rector.

En 1898 se abrió la calle Carrera hasta la Alameda y el colegio compró una franja de terreno hacia el oriente con lo cual pudo construirse un nuevo pabellón de salas y dormitorios, los que fueron inaugurados en 1902.

En 1906, desde la Academia Literaria surgió la “Revista Colegial”, la que fue censurada por la dirección, al año siguiente apareció, editada por el colegio de Valparaíso, la “Revista Escolar” publicación común a todos los colegios de la Congregación.

Se estableció la adoración del Santísimo Sacramento todos los primeros viernes de cada mes.

El año 1895 fue especial para los sacerdotes de la Congregación pues volvieron a usar hábito blanco.

En 1908 el Patronato contaba con el Círculo Dominical y la Escuela Diurna “Ignacio Domeyko”, gratuita, para niños.

Al comenzar el año 1920 el colegio había alcanzado su máximo desarrollo, tanto en el aspecto académico como en medios materiales; había alcanzado su máxima extensión y disponía de todas las acomodaciones que correspondían a un establecimiento educacional de primer nivel.

En 1978 asumió la rectoría el primer Rector laico y en 1992 la Congregación decidió entregar el colegio, con todas sus dependencias, al Arzobispado y pasó a llamarse desde esa fecha Colegio de los Sagrados Corazones del Arzobispado de Santiago.