Entre los siglos XI y XV, sus descendientes crearán aquí el más poderoso centro comercial del África Oriental.

En el siglo XIII, sus jefes dominaban todos los centros comerciales de la costa africana, desde la isla Pemba, al norte, hasta Sofala, en el sur.

El mundo occidental empezó a conocer Kilwa a través de los escritos de un viajero intelectual marroquí, Abu Abdullah Ibn Batuta, que la visitó en 1331.

En 1512, la isla fue conquistada por una fuerza árabe y volvió a ser una ciudad-estado suajili hasta 1784, cuando se convirtió en un protectorado de Omán y volvión a perder su poderío.

En 1843, la ciudad vecina de Kilwa Kivinje, a cerca de 20 km al norte, en la costa, pasó a ser utilizada como puerto y Kilwa Kisiwani fue abandonada y sus edificios se convirtieron en ruinas.