Durante los primeros veinte años posteriores a la independencia, Koma fracasó en ser elegido miembro del parlamento, principalmente por intervención de Bathoen, que buscaba marginar su liderazgo.Bathoen se retiró, dejando a Koma presidir el partido y convertirse en líder de la Oposición.[9] El lugar exacto de su nacimiento es incierto, con fuentes afirmando que nació en Mahalapye y otras en Serowe.Perteneciente al sector educado minoritario de la sociedad del protectorado, Koma se vio interesado en la política desde muy joven.[11] Entre 1963 y 1964, Koma completó un doctorado en ciencias políticas en la Universidad Patrice Lumumba de la Unión Soviética.[10] El retorno de Koma a Bechuanalandia coincidió con las primeras elecciones con sufragio universal en la historia del territorio, que resultaron en un triunfo aplastante del conservador tradicionalista Partido Democrático o BDP, presidido por Seretse Khama, sobre el socialista y africanista Partido Popular o BPP, de Philip Matante.[7] Durante la fundación del BNF, Koma buscaba construir un frente unido con la totalidad de los partidos opositores.[14] Aprovechándose de esta situación, Koma se acercó sorpresivamente a Bathoen y le ofreció ser candidato presidencial del BNF.Bathoen reemplazó a Matante como líder de la Oposición, cargo que el presidente parlamentario del BNF lograría ocupar en cada ciclo electoral hasta 2019.Koma obtuvo el 25,34% de los votos contra Welly M. Seboni, aspirante del BDP, y en consecuencia no pudo ingresar al Parlamento.[8] La dirigencia del BDP también buscó ridiculizar públicamente a Koma, describiéndolo como un hipócrita adinerado que pretendía esconderse en la imagen de una persona humilde.[6] Cuatro candidatos del partido resultaron electos, reteniendo las circunscripciones Bangwaketse y ganando en Gaborone North.[8] El fuerte debate interno y discusiones que hasta entonces habían caracterizado al BNF desaparecieron, convirtiéndolo esencialmente en un partido personalista con Koma como líder indiscutido.[20] Sin embargo, Koma criticó que la nueva oficina no sería autónoma y exigió una Comisión Electoral Independiente.La falta de apoyo regional impidió al BNF obtener victorias propiamente dichas, pero su voto popular se disparó a un 26,95%, mientras que la elección representó la primera vez que el BDP fracasó en obtener dos tercios de los votos válidos.[22] El Programa Socialdemócrata fue objeto de intensos debates, y algunos integrantes del ala más extremista del partido expresaron su descontento por lo que consideraban una «claudicación de ideales» y un abrazo a «ideas capitalistas».No obstante, gran parte de las nuevas propuestas fueron aceptadas por los miembros del BNF como una necesidad para encarar una disputa electoral coherente.[27] Con una agresiva campaña centrada en la crítica a la debacle económica y promoviendo numerosas propuestas de cambio progresistas,[22] las elecciones vieron al BNF obtener el mejor resultado de su historia, que permanece hasta la fecha como el mejor resultado para cualquier partido opositor en solitario.El propio Koma obtuvo su mejor resultado personal histórico en Gaborone South, reteniendo su escaño por un 68,74% de los votos.[28] Entre 1994 y 1998, Koma se dedicó a utilizar su buen desempeño electoral para presionar al gobierno de Masire por mayores reformas en el sistema político del país.Entre 1997 y 1998, comenzaron a surgir los primeros problemas internos que desembocarían en un conflicto de liderazgo en toda regla.Hasta entonces, los conflictos internos habían sido moneda corriente en el BNF, pero quedó claro que la posición de Koma se había debilitado y que buena parte de la dirección del partido ahora estaba en su contra.Tras recuperar el control, Koma encabezó una purga que depuso a la gran mayoría de la dirigencia y la reemplazó por un «comité provisional» compuesto casi enteramente por partidarios suyos.La misma noche de los comicios, Koma se lamentó ante los medios de comunicación por el resultado, afirmando que Botsuana había retrocedido políticamente cinco años, y culpó a los desertores del BCP por el naufragio.Finalmente, en agosto de 2003, dimitió como líder de la Oposición en la Asamblea Nacional y abandonó el partido que había ayudado a fundar y del que había formado parte durante casi cuatro décadas, citando diferencias irreconciliables.Dado que Moupo no era un miembro del Parlamento en ese momento, fue sucedido provisoriamente por Nehemiah Modubule.[8] Mientras tanto, desde la oposición se criticó su liderazgo cada vez más autocrático dentro del BNF como un aliciente para la división del partido, que en última instancia terminaría descalabrando las expectativas de un cambio de gobierno en Botsuana en el corto plazo.Aunque no era un marxista ortodoxo, Koma repudiaba el «socialismo africano», expresión política dominante en gran parte del continente fuera de Botsuana.Calificó a este movimiento como una «bufonada», afirmando que «los países africanos que inventaron nuevas etiquetas para la forma capitalista de desarrollo y pretendieron haber encontrado una forma específicamente africana que es intermedia entre el capitalismo y el socialismo científico, sólo estaban tratando de engañar a las masas y de engañarse a sí mismos».[7][8] Nominalmente, Koma se oponía a los liderazgos tribales tradicionales, pero durante su carrera política buscó cortejar a los dirigentes con el objetivo de aprovechar su influencia, siendo el caso su alianza con Bathoen II (jefe de la tribu Bangwaketse) entre 1969 y 1984.
Bathoen Gaseitsiwe
fue tanto aliado como rival interno de Koma por el liderazgo del BNF.
La elección de 1984 marcó un fuerte progreso electoral para el BNF y vio al mismo Koma ingresar al Parlamento por primera vez.
La elección de 1994 dio su mejor resultado histórico al BNF.