Firmaba como Juan de Larraya y Armendáriz, aunque en ocasiones se le mencionaba con la forma Juan de la Raya.
En 1600 se encontraba ya sirviendo en el ejército, a las órdenes del maestre de campo don Alonso de Tapia.
El 16 de mayo de 1609 se expidieron en su favor varias reales cédulas, para concederle llevar 600 ducados libres de almojarifazgo, y para permitirle llevar consigo 500 ducados de joyas de oro y plata, seis espadas, seis dagas, seis arcabuces y seis mosquetes, seis criados, una esclava y un esclavo negros para su servicio, y para que cada uno de los criados que lleva pudiera llevar dos espadas y dos dagas.
Poco después el grupo se embarcó en Sanlúcar de Barrameda con destino a América en el galeón Santa Beatriz.
Su cuerpo fue trasladado a Granada y sepultado en la capilla mayordel convento de San Francisco.