[1]​ Tenía el tratamiento de Su Alteza Real.

Juan recibió educación militar y fue coronel de un regimiento de caballería.

Se encontraba de visita en Inglaterra y Francia con su hermano, el Duque de Oporto, presunto heredero del trono, cuando fueron llamados a regresar a Portugal por su hermano, el rey Pedro V, que agonizaba de fiebre tifoidea o cólera.

A su muerte, el Duque de Oporto se convirtió en rey Luis I y Juan se convirtió en su presunto heredero al trono.

No fue proclamado como tal ya que murió un mes después de la misma enfermedad que mató a sus hermanos, en el Palacio de las Necesidades, en Lisboa el 27 de diciembre de 1861 a la edad de 19 años, estando soltero y sin descendencia.