El rey desempeñó un papel destacado en la historia política portuguesa, actuando a menudo como regente durante los numerosos embarazos de su esposa.Los griegos ofrecieron el trono a Fernando II, que no aceptó.Fernando comenzó haciendo reparaciones en el antiguo monasterio, que, según las fuentes históricas de la época, estaba en muy malas condiciones.Reformó la totalidad de la planta superior, sustituyendo las catorce celdas utilizadas por los monjes por estancias de mayor tamaño y cubriéndolos con los techos abovedados que todavía se pueden ver hoy en día.Pasó sus últimos años en este castillo con su segunda esposa, recibiendo a los más grandes artistas de su tiempo.El 12 de diciembre de 1885, debido a la visión doble provocada por el tumor, tropezó al bajar las escaleras para el foyer del Teatro de São Carlos, se golpeó violentamente la cabeza contra una pared y se quedó inconsciente, muriendo tres días después.En su testamento dejó casi todos sus bienes a su segunda esposa, lo que provocó un escándalo público.
