Fue el primogénito del duque Francisco Josías de Sajonia-Coburgo-Saalfeld y de la princesa Ana Sofía de Schwarzburgo-Rudolstadt.

Tras suceder a su padre el 16 de septiembre de 1764, trasladó su residencia a Coburgo para encargarse mejor del gobierno del ducado.

En 1773, dada la próspera situación de la hacienda de sus estados, el emperador José II le llevó a Viena para trabajar en la Debitkommision del Imperio.

En Wolfenbüttel el 23 de abril de 1749, Ernesto Federico contrajo matrimonio con Sofía Antonia de Brunswick-Wolfenbüttel, hija de los duques reinantes Fernando Alberto II y Antonieta Amalia de Brunswick-Wolfenbüttel.

Tuvieron siete hijos: