Al morir su padre en 1675 Juan Ernesto gobernó inicialmente el ducado de Sajonia-Gotha-Altenburgo junto con sus seis hermanos mayores, tal y como estaba establecido en el testamento del padre.

Sin embargo, los hermanos en común acuerdo hicieron en 1680 un tratado para dividir los bienes heredados.

Al poco tiempo él y su hermano Ernesto de Sajonia-Hildburghausen se encontraron en una peligrosa situación económica a causa del reparto, pues las tierras más ricas se habían entregado al hermano mayor Federico, y se unieron para protestar.

La controversia continuó durante los años sucesivos y aumentó al morir sin herederos tres de los hermanos.

La decisión fue generalmente aceptada, especialmente por los descendientes de su hermano Bernardo, quienes también reclamaban Coburgo.