Ejerció este cargo hasta 1607 con tesón y eficacia, como demuestran las cuatro redenciones generales que en esos años se efectuaron, en dos de las cuales participó él mismo.Juan Bautista de la Torre, religioso agustino, que Fr.Desde que se publicara oficialmente en 1590 una Redención General a realizar en Argel, fr.Juan de Palacios recorrió ciudades y villas de Castilla realizando pregones y recogiendo limosnas: Madrid, Valladolid, Oviedo, Astorga, La Bañeza, Zamora, Toro, Medina del Campo, Arévalo, Ciudad Rodrigo, Salamanca, Ávila, Segovia, Talavera de la Reina, Oropesa, Guadalupe, Trujillo, Plasencia, San Clemente, Albacete y Cuenca.Por su parte, el rey Felipe II les entregó la licencia para sacar de España los 24.000 ducados que sumaban las dos provincias.Cuando llegaron a Valencia fueron recibidos por las autoridades con música y mucha solemnidad por las autoridades de la ciudad, entre las que estaba el arzobispo Juan de Ribera.Se presentaron en la casa unos guardias para llevarlos ante el Duán, o Consejo de Gobierno.Allí se reunieron los tres religiosos y les comunicaron su detención como prisioneros.No estaba en la mano de los redentores trinitarios esa embajada, y el sábado 16 de mayo fueron encarcelados en el Baño del Rey, donde recibieron malos tratos, estrechas prisiones y mal comer.La presión diplomática fue grande durante el cautiverio de los tres religiosos.Todos los gobiernos cristianos de Europa y el mismo papa, escribieron numerosas cartas a las autoridades musulmanas de Argel y del Imperio Otomano para que se liberara a los religiosos y a los cautivos por los que se había pagado el rescate.Los tres murieron de muerte natural, tras sufrir innumerables penalidades y malos tratos.Un religioso basilio que estuvo preso con él declaró en el proceso que tras conocerse la noticia de que habían quemado en Valencia a un renegado que había rescatado allí un turco, fueron a buscar a Juan de Palacios y Bernardo de Monroy, y los llevaron a empujones ante el Duán, donde los maltrataron de palabra y los encadenaron para el resto de sus días, les escupían por la calle y recibían golpes y empujones.
