Su familia lo hizo entrar al servicio del Marqués de las Navas, D. Pedro Dávila y Córdoba, pero huyó a Cuenca para hacerse trinitario.
En 1609, tres días antes de partir la nueva redención que se había formado para ir a Argel, fr.
Juan se dirigió al Provincial que exigió una renuncia formal de fr.
Juan del Águila no cuidó en detalles y salió de Madrid a Cuenca, se postró a los pies de Monzón y le pidió con lágrimas que se apartase del nombramiento, porque deseaba mucho padecer por Jesucristo.
Se presentaron en la casa unos guardias para llevarlos ante el Duán, o Consejo de Gobierno.
Allí se reunieron los tres religiosos y les comunicaron su detención como prisioneros.
No estaba en la mano de los redentores trinitarios esa embajada, y el sábado 16 de mayo fueron encarcelados en el Baño del Rey, donde recibieron malos tratos, estrechas prisiones y mal comer.
Todos los gobiernos cristianos de Europa y el mismo papa, escribieron numerosas cartas a las autoridades musulmanas de Argel y del Imperio Otomano para que se liberara a los religiosos y a los cautivos por los que se había pagado el rescate.
Los tres murieron de muerte natural, tras sufrir innumerables penalidades y malos tratos.
Había mostrado siempre una gran serenidad, no dejaba de animar a otros, con palabras o con el ejemplo.
Sufrió vejaciones y palizas por parte de sus carceleros pero nunca le oyeron quejarse.
Durante nueve días celebraron en Argel sus exequias y Bernardo de Monroy pronunció una oración fúnebre que conocemos parcialmente.