Fue bautizado con el nombre de Juan Bautista José Fabián Sebastián.

[1]​ En 1790, su padre fue elegido Emperador del Sacro Imperio Romano Germánico y se trasladó con su familia a Viena.

Bajo su mando estaban el octavo cuerpo de ejércitos dirigido por Albert Gyulai y el séptimo cuerpo de ejércitos, dirigido por Ignaz Gyulai.

Intentando reducir la persecución francoitaliana, combatió el 8 de mayo en la batalla del río Piave, siendo vapuleado.

Tras la finalización de su periodo militar desarrolló un gran interés por la naturaleza, la tecnología y la agricultura.

Por ello da nombre al refugio Erzherzog-Johann-Hütte (Adlersruhe) del Großglockner y a la Gymnadenia archiducis-joannis, una especie de orquídea que crece en prados montañosos.

Era considerado cercano al hombre de a pie, llevando prendas locales como el Tracht y el Steireranzug, y protegiendo la cultura material e inmaterial del país.

En 1811, fundó el Landesmuseum Joanneum, al que dio su nombre, en Graz y el embrión de lo que luego se convertiría en la Universidad Técnica de Graz.

En 1848, el Parlamento de Fráncfort le nombró regente o cabeza titular del estado ("Reichsverweser" en alemán, también traducible como vicario imperial).

En su honor se erigió una fuente que domina la plaza central de la ciudad.