Hijo del gaditano Esteban Baltasar Amador Villegas (1735-1806) y la criolla María Josefa Rodríguez Funes, era miembro de una rica familia de comerciantes y dueños de haciendas muy influyentes en su ciudad.

Tuvo 9 hermanos y 2 hermanas que llegaron a edad adulta, destacando Martín José (1778-1816), quien murió en la represión que siguió a la Reconquista.

[1]​ Se tituló de abogado en Bogotá y al volver a Cartagena se dedicó al comercio de adobes que producía en su hacienda (1795).

[2]​ Vivió en Barcelona pero en 1799 volvió a su ciudad natal, aunque en el regreso pasó unos meses en Baltimore.

Volvió a su tierra natal en 1822, desde entonces desempeñó cargos como contador departamental, administrador de aduana, prefecto, gobernador, senador y administrador de correos hasta el día de su muerte.