Sin embargo, Van Halen, como «oficial jurado» y cumpliendo la capitulación de Ferrol donde se encontraba al mando del cañonero Estrago, al igual que otros de los llamados «afrancesados», reconoció a José I Bonaparte (llamado el «Rey Intruso»), fue su oficial de órdenes y le acompañó a París para asistir al bautizo del Rey de Roma, en cuya ocasión el español conoció a Napoleón.Van Halen llegó a acompañar al Rey José cuando este huyó de España.Teniendo este empleo fue encarcelado en 1815 mientras se investigaban sus actividades liberales, sufriendo prisión en el castillo de Marbella, siendo liberado por el capitán general conde de Montijo cuando estaba a punto de ser fusilado, al descubrirse que la real orden que conminaba a su fusilamiento era falsa.En aquel tiempo entró en una sociedad secreta de filiación masónica en Granada, con conexiones en Cartagena y Murcia.Sus posiciones liberales, como las de otros militares españoles que habían sido acogidos en el Ejército Imperial, hicieron que a los 21 meses Juan Van Halen fuese puesto en la frontera con Austria al ser informado el zar de su intención de reintegrarse al Ejército español una vez triunfante la llamada revolución de Cabezas de San Juan que, junto a Rafael del Riego, había dirigido su íntimo amigo el general Antonio Quiroga, que luego sería cuñado de Van Halen al casarse este con su hermana María del Carmen.En 1827 se trasladó a Estados Unidos, residiendo en Nueva York y Filadelfia, donde ejerció como profesor de español.Fue nombrado gobernador de Brabante Meridional, la región cuya cabecera era Bruselas.Regresó a España en 1833, a la muerte de Fernando VII, reclamado por la reina Isabel II, y se reincorporó a la Caballería con el grado que tenía en España en 1823 que era el de teniente coronel, y durante la primera guerra carlista, en las provincias vascongadas estuvo a las órdenes del general Luis Fernández de Córdova, jefe del Ejército del Norte.A partir del final de la primera guerra carlista, Juan Van Halen fue protegido por los gobiernos liberales y confinado o en situación de cuartel por los gobiernos moderados.Muchos historiadores recogen que desde 1854 asumió la presidencia del Tribunal Supremo de Guerra y Marina, pero confunden a Juan Van Halen con su hermano Antonio Van Halen, primer conde de Peracamps, también general en la misma época.Se le confunde igualmente con su hermano Antonio cuando se asegura que Juan Van Halen fue quien ordenó el bombardeo de Barcelona en 1842 y que acompañó al general Espartero en su exilio de 1843.Publicó en 1827 sus Memorias, aparecidas en París, Lieja, Dordrecht, Stuttgart, Londres, Nueva York y en 1842 en Madrid.
