Junto a sus dos hermanos Gabriel y Francisco se hicieron jesuitas.

[1]​ Juan destacó como teólogo en sus cursos y fue tenido en alta estima por Francisco Suárez.

Como profesor destacó en sus cursos que dicto en colegios de todo el imperio español, que incluyen la ciudad de Lima, Cuzco, Quito, Murcia, Alcalá, Madrid y Flandes.

Padre Perlín después de haber enseñado en Lima, Cuzco y Quito, pasó a ser profesor en España, según deseo de Suárez, esto con el fin de que tome la cátedra para que tome la cátedra en Alcalá, Madrid y Flandes.

Específicamente Suárez se refiere a Perlín en los siguientes términos:[3]​Yo nunca vi al dicho Padre ni sus obras o trabajos, más por las varias informaciones que tengo de su talento en letras y uso dellas, y de su mucha religión, tengo de él grande estima; por la voluntad que en sus cartas me ha mostrado, le tengo grande amor.