Se hacía llamar Fortino Guerrero, en tiempos de persecución.
Fue asignado a la diócesis de Aguascalientes, donde realizaba su ministerio en una parroquia y en el seminario diocesano.
Una primera persecución religiosa sucede en México en el año de 1914, donde el obispo Ignacio Valdespino es producto del destierro y el padre Navarrete es nombrado vicario, pero luego también es perseguido por lo que emigra a Estados Unidos y luego a Roma.
En 1926 con el sonorense Plutarco Elías Calles como presidente de la república, prohibió el culto católico y dio inicio a la primera Guerra Cristera, por lo que Navarrete se exilia en el vecino estado de Arizona Estados Unidos por lo que su segundo destierro acabó en unas barracas de material prefabricado del U.S.
Fueron 3 años de destierro en los que ordena a tres sacerdotes: Ricardo Monge Valenzuela, (1926), Luis Cosme Barceló (1927), José Santos Sáenz (1927) e Ignacio de la Torre Urribarren (1928).
En 1937, el gobernador, general Román Yocupicio Valenzuela, da por terminada la persecución religiosa, por lo que regresa el obispo a Hermosillo y reinicia el seminario diocesano con 4 seminaristas, donde 15 años después ya tenía a 70 jóvenes siendo instructor y rector de mismo.
En diversos tiempos y sitios, promovió la devoción a la Virgen María.
Durante el papado de Juan XXIII, Participó en el Concilio Vaticano II (1962-1965) en Roma.
Ordenó sacerdotes a: Ricardo Monge Valenzuela, (1926), Luis Cosme Barceló (1927), José Santos Sáenz (1927) e Ignacio de la Torre Urribarren (1928), Jesús Alba Ávila (1930) Salvador Sandoval García (1935) Juan Crisóstomo Barceló, Florentino Olivas Vitela, José de Jesús Fimbres (1937), Jesús Noriega, Trujillo José Garibay, Hermenegildo Rangel (1938), Roberto González Orendain y Rafael García Morales (1940) Cruz Acuña Gálvez, Salvador Andrade, Antonio Hoyos Martínez (1941) y la lista continúa por más de 100 sacerdotes.
Francisco su hermano, dos años menor que Juan también se hizo presbítero.