Debido a las repetidas enfermedades del maestro Yanguas, Martín tuvo que sustituirlo en el cargo en numerosas ocasiones.
[1] Durante su magisterio, educó a Manuel José Doyagüe, el que sería su sucesor en el cargo.
[5][6] También mantuvo contacto con la corte, a donde partió en dos ocasiones para buscar músicos, y con su antiguo maestro Iribarren, que se encontraba en Málaga.
Es probable fuera la enfermedad de Yanguas, que llevó a distintas personas a sustituirlo en la Universidad y la Catedral.
Finalmente se nombró maestro en la Catedral al que ejercía de sustituto y se trató de conseguirle el cargo de catedrático, pero los responsables de la universidad se resistieron y el cargo acabó en Juan Antonio Aragüés.