Años más tarde, la prefectura de Arequipa lo gratificó con dos mil pesos, reconociendo así sus servicios.
Tuvo también una relación con María Luisa Seminario y del Castillo, dama piurana de familia acomodada, que estaba casada con el también teniente coronel colombiano Pío Díaz (que por entonces se hallaba en su país de origen).
Fue en esa época cuando dio permiso a su hijo Miguel, entonces todavía un niño, para que se iniciara en la marina mercante.
Pezet quería que el ya destacado marino permaneciese leal a su gobierno, amenazado entonces por revolución nacionalista del coronel Mariano Ignacio Prado, y pensó que su padre podría convencerlo en tal sentido.
El ya anciano Juan Manuel, que se encontraba enfermo, falleció pocos meses después, estando todavía en Valparaíso.
En 1874, sus restos fueron repatriados por su hijo Miguel, trasladándolos al Cementerio Presbítero Matías Maestro de Lima donde descansan hasta la actualidad.