Fue profesor de humanidades (gramática, poesía) en Mannheim entre 1740-1743, y pasó a estudiar durante cuatro años teología en Molsheim.
[2] Los viajes de Baegert por Europa, así como sus experiencias en México y Baja California, los describió en diez cartas que envió a su familia (Baegert 1777, 1982).
San Luis Gonzaga, fue inicialmente establecida como una "visita", o estación misionera subordinada, por Clemente Guillén de Castro en 1721; la misión fue fundada en 1740 y administrada sucesivamente por Lamberto Hostell y Juan Xavier Bischoff antes de la llegada de Baegert.
Juan Jacobo organizó la construcción de la iglesia en material sólido y duradero.
[4] Trabajó en la península durante 17 años hasta la expulsión de los jesuitas en 1767.