A Juan se le conocen tres hijos, Juan Francisco Gómez de Navas y Sagastiberri, Teresa y María.

Es de entender que, teniendo en cuenta que en la época no se usaba siempre el nombre completo y que existía una tendencia a saltar el apellido «Gómez», resulta muy difícil distinguir la trayectoria de estos músicos.

En este caso, se muestra la estrecha relación entre Calatayud, Zaragoza y Madrid.

La información resulta problemática, ya que en 1637 había sido nombrado para el magisterio de la Capilla Real Carlos Patiño y este permaneció en el cargo hasta 1675.

[5]​[7]​ Resulta muy difícil distinguir las obras del padre y del hijo, ya que una buena parte están atribuidas a «Juan de Navas».

[5]​ Se le atribuye el villancico Sálgase fuera del trigo (1649) a ocho voces.