Tras la reunión de los dos hermanos, Carlos II dispuso que don Juan se aposentase en el Palacio del Buen Retiro y que allí aguardase instrucciones.

A su muerte pasaron al hijo de ambos, Luis Francisco, que se convirtió prácticamente en el hombre más rico y poderoso de su tiempo.

Posteriormente, en junio del año indicado, el rey le ordenó su salida de la Corte.

Imponerle su retiro de la Corte era tanto como desterrarle.

Se trasladó a Cogolludo y, posteriormente, a Guadalajara, pero ante el agravamiento de sus enfermedades los familiares de Medinaceli solicitaron su retorno a Madrid para la curación de los achaques, logrando el beneplácito con la condición de que renunciara a todos los cargos palatinos que hasta el momento ostentaba.