En 1980, funda una compañía de teatro independiente con la que da sus primeros pasos como director.

En 2004 deja la Dirección del Centro Dramático Nacional y retoma su profesión de forma privada.

[6]​ Pérez de la Fuente recurrió el despido ante los tribunales y finalmente llegó a un acuerdo con el Ayuntamiento de Manuela Carmena para dejar el cargo, reconociéndose el despido improcedente.

[7]​ Fue nombrado por la Comunidad de Madrid Director Artístico del año Galdós, encargado de la programación cultural para conmemorar el centenario de la muerte del autor canario Benito Pérez Galdós.

[8]​ En 2009 obtuvo el Premio Españoles Ejemplares que entrega la Fundación para la Defensa de la Nación Española[10]​ (DENAES) en la categoría de «Arte y Humanidades» en reconocimiento a su labor como director del espectáculo teatral estrenado para la Conmemoración del Bicentenario del Dos de Mayo “Puerta del Sol, un Episodio Nacional”.