Su tesis, leída en el curso 1946-1947, fue dirigida por Cayetano Alcázar Molina.
[2] En 1949 obtuvo la cátedra de Historia Universal de las edades moderna y contemporáneas e Historia General de la Cultura con destino en Valencia; posteriormente se trasladó a Madrid, a la Universidad Complutense.
A mediados de los años 60 Jover se incorpora a las nuevas corrientes historiográficas europeas, recibiendo influencias de la Escuela de los Annales o del catalán Jaume Vicens Vives.
Considerado rescatador del término unamuniano intrahistoria, entre sus discípulos se encuentran historiadores como Javier Tusell, Elena Hernández Sandoica, Juan Pablo Fusi o Ángel Bahamonde.
En 1975 recibe el encargo de dirigir la Historia de España fundada y dirigida por Ramón Menéndez Pidal hasta su muerte, reestructurando y ampliando su plan.