Realizó un doctorado en Microbiología en la Universidad Rutgers de Nueva Jersey.
[1] Fue jefe del Departamento de Microbiología en su alma mater.
En 1987 comenzó a colaborar en el Centro de Investigación y de Estudios Avanzados del Instituto Politécnico Nacional en Irapuato (Cinvestav-Irapuato).
Ha sido profesor visitante en las universidades de California en Riverside, Valencia, Sevilla, Extremadura y Salamanca.
José Ruiz-Herrera a publicado varios libros de rigor científico entre ellos destacan "Fungal Cell Wall: Structure, Synthesis, and Assembly" con una primera y segunda edición.