La temporada 2005-06 comenzó como segundo entrenador de Gonzalo Arkonada en la Real Sociedad B.
Eizmendi siguió al frente de la Real B durante las temporadas 2006-07 y 2007-08.
Mientras entrenaba al filial, el primer equipo descendió de Primera a Segunda División en 2007 y el club entró en una profunda crisis.
Aunque en principio Badiola tenía previsto como recambio a Juan Carlos Oliva, entrenador del Villarreal B, el máximo mandatorio realista acabó echándose atrás y poniendo como entrenador interino a Eizmendi.
Tras un primer buen resultado con Eizmendi al mando ganando a domicilio al Córdoba CF, el entrenador de Icazteguieta fue refrendado en el cargo hasta final de temporada.
Eizmendi volvió hasta final de temporada a encargarse del filial.