En la virreinal Lima, José Perfecto de Salas comenzará su carrera administrativa.
En 1748 realizará un peligroso viaje por el sur de Chile y la zona mapuche.
En 1754 el gobernador le encargará redactar una Historia Geográfica e Hidrográfica del Reino de Chile, que si bien su manuscrito estuvo terminado en 1760, solo será impreso entre 1924 y 1928 (efectivamente, en el siglo XX) En 1761 su amigo Manuel de Amat será nombrado Virrey en el Perú, y lo llevará como asesor debiendo enfrentar las críticas y salir en defensa de su amigo cuando este protagonizaba escándalos (como el de la Perricholi).
Seriá destituido en 1776 debiendo enfrentar un juicio en España con acusaciones bastante graves por corrupción y contrabando, sus críticos denunciaron que se llevó una fortuna de 2 a 3 millones de pesos.
Muere dos años después en Buenos Aires, en el Virreinato del Río de la Plata.