Cuando Heredia fue asesinado en 1838, una revolución depuso a Alemán, que ya no contaba con la protección de aquel y nunca había sido popular en Jujuy.

Iturbe no había organizado la revolución, pero era el militar más prestigioso del grupo y fue nombrado gobernador interino en noviembre de 1838.

Iturbe intentó continuar la guerra, pero los bolivianos se replegaron para enfrentar a Chile, siendo derrotados en la batalla de Yungay.

El gobernador jujeño, Roque Alvarado, no quiso seguir la guerra al ver que ya todo estaba perdido.

De inmediato se hizo reconocer como gobernador y anuló todo lo actuado por Alvarado.

Los siguientes años fueron pacíficos: hubo algunas invasiones desde Bolivia, pero estas se dirigían hacia Catamarca y Tucumán a través de la Puna.

Intentó anexar Orán, Iruya y San Andrés a su provincia, desprendiéndolas de Salta, pero Rosas no se lo permitió.

Fue reelegido gobernador en 1843 y nuevamente en 1846 ese último año se incorporaron a la legislatura algunos diputados unitarios, casi todos emigrados que habían podido volver por un permiso especial de Iturbe.

Cansado, Iturbe renunció a ser reelegido en 1849; en su lugar, ocupó el gobierno el padre Pedro Castañeda, presidente de la legislatura.

Santibáñez, el hombre fuerte del partido unitario, fue capturado por Saravia, y fusilado en San Pedrito.

Convocó una asamblea popular para elegir a su sucesor, que resultó ser el coronel José Benito Bárcena.