[1]​ Finalizado el conflicto, Borja Fernández fue designado Juez de Primera Instancia en su provincia continuando dedicado también a la política provincial.

Integró en representación del distrito Capital la Honorable Junta General Constituyente de 1835.

Electo gobernador José López Villar en enero de 1851 se dedicó a reorganizar la legislación en un sentido liberal.

Aunque no persiguió a los federales, López Villar les quitó toda influencia política, por lo cual éstos llamaron en su ayuda a José Mariano Iturbe y al nuevo gobernador salteño, el general José María Saravia.

Iturbe organizó sus fuerzas en la Quebrada de Humahuaca y en septiembre de 1851 avanzó sobre Jujuy y dispersó las fuerzas jujeñas comandadas por Santibáñez en una escaramuza.