[6] Contrajo matrimonio con María Antonia de Espino y Flores-Alatorre con la procreó cuatro hijas y dos hijos, siendo el mayor el insurgente José Ignacio de la Garza-Falcón, a quien pudo deberse su ingreso en Los Guadalupes, grupo en el que se le documenta a partir de 1812, con la perceptible fuga de José Ignacio de la capital virreinal con objeto de unirse a las fuerzas insurgentes.
En ellas se desvelaron una serie de informes y escritos codificados, entre los que se encontraron diversas cartas de José Ignacio de la Garza, identificado como "Y" y "Odorantes" a sus hermanas y a su padre, José María, desde el campo batalla, expresándose contra "el tirano Venegas" y enviándole saludos de Morelos, Rayón, y otros insurgentes, a lo que el virrey Venegas ordenó el allanamiento de su casa.
En la investigación se encontró abundante correspondencia entre José María y José María Morelos e Ignacio López Rayón, así como diversos reportes informando los movimientos de Calleja, documentando incluso su intento de sobornar a los hijos de Leonardo Bravo para aprehender a Morelos.
[4] Se concluyó que no había "prueba cumplida del delito de rebelión, pero sí vehementes indicios", siéndole concedida la libertad bajo fianza en agosto de 1813.
A pesar de ello, cuando su hijo José Ignacio se acogió al indulto decretado por el virrey para aquellos que habían combatido en la insurgencia, se le condenó al destierro a "50 leguas de la capital" en octubre de 1816, a causa de no permitirse la residencia de "reos indultados" a menor distancia de la capital del reino.