José Malsio nació en el distrito de Bellavista, cerca del Callao.
En 1941 viajó a Estados Unidos para estudiar dirección de orquesta en la Eastman School of Music en Rochester.
También por esos años estudió de manera particular con los músicos Jascha Horenstein y Paul Hindemith.
En este viaje logró contactarse con las figuras más importantes del arte del siglo XX, donde destacan las figuras de Octavio Paz, Roberto Matta, Francois Michel, Claudio Arrau, Carmelo Arden Quin, Orson Wells, entre otros.
Se relacionó también con artistas peruanos como el músico Enrique Pinilla, el escritor Emilio Adolfo Westphalen, el pintor y escritor Francisco Abril de Vivero, el poeta Jorge Eduardo Eielson y otras destacadas personalidades.