[2]​ Fuera del ejército, Fernández Valoni inició sus estudios de abogacía en la Universidad de Buenos Aires, donde se desempeñó como profesor una vez recibido.

Entre los años 1992 y 1995 se desempeñó como embajador argentino en Ecuador.

Durante su gestión se desencadenaron las acciones bélicas entre Perú y Ecuador en la Cordillera del Cóndor.

Cuando se produce la salida de Cavallo del ministerio, lo acompaña en la formación del partido político Acción por la República en 1997 y se postula como candidato a diputado por la Provincia de Buenos Aires aunque no resulta electo.

Su hijo, José Luis Fernández Valoni, es diplomático y se desempeña en la actualidad como Coordinador del Consejo Consultivo sobre Temas Vinculados al Atlántico Sur de la Secretaría de Malvinas, Antártida y Atlántico Sur del Ministerio De Relaciones Exteriores, Comercio Internacional y Culto