Al darse cuenta de lo difícil que era hacer un nombre en la capital, debido a su linaje, de ascendentes conversos, decidió regresar a Valladolid, su ciudad natal, donde contrajo matrimonio con Agustina Borja y Mafra, con la cual tuvo tres hijos: Fortunato, María Julia y María Dolores.
Fue interrogado por las autoridades reales e inclusive pasó varios años en la cárcel de la capital.
La noche que fueron aprehendidos los hermanos Michelena y el Capitán José María García Obeso, Soto Saldaña al oír el ruido de fuera, movido por curiosidad salió a ver qué estaba sucediendo.
Rápidamente fue a despedirse de su mujer y sus hijos, se mantuvo escondido y a la primera oportunidad huyó hacia la Ciudad de México.
Como resultado de las declaraciones y el juicio que se llevó a cabo, fue encarcelado.
Recobró su libertad años más tarde, cuando gobernaba el virrey Félix María Calleja.