Estando Portales confinado bajo la custodia del Capitán Santiago Florín, Vidaurre salió hacia Valparaíso donde combatió en el Combate del Cerro Barón contra el Ejército dirigido por Manuel Blanco Encalada.
Aparentemente, y según su propia versión, había recibido órdenes de Vidaurre para tal cometido, pero esta cuestión nunca fue probada en su totalidad.
Una vez derrotado, Vidaurre, logró eludir la persecución que se ordenó en su contra por casi cuatro meses, pero finalmente fue hecho prisionero y encerrado a bordo del bergantín Teodoro en Valparaíso.
Al cabo de unos días, la cabeza desapareció, aparentemente removida por unos campesinos piadosos, y fue encontrada poco después en una acequia.
Historiadores como Benjamín Vicuña Mackenna lo muestra como un precursor de las ideas liberales, por su oposición a la conducción autoritaria del gobierno que realizó Diego Portales entre 1830 y 1837, y por su negativa a ser parte de una campaña militar expedicionaria que el ministro promovía contra el Perú.