Para la temporada 1987-88 el joven directivo decide contratar a Manuel Lapuente como Director Técnico y así iniciar la renovación del Atlante FC, el equipo tiene una temporada aceptable, al quedar en el 7o lugar de la tabla general, sin embargo no calificó a la liguilla por el título por estar en el "grupo de la muerte" y quedando abajo del Guadalajara y los Pumas de la UNAM.
Además vendió la franquicia del recién ascendido Potros Neza a Veracruz, para dedicarse exclusivamente al Atlante FC.
los resultados en la cancha se vieron contagiados de dicha determinación, por lo que al finalizar la temporada 1989-90 el Atlante FC terminó descendiendo por segunda ocasión en su historia.
En esa misma temporada, el Querétaro FC también fue propiedad de Toño García, el equipo queretano fue dirigido por Ricardo La Volpe.
En 1996 Toño García tras tener serio problemas fiscales y por consecuencia no poder mantener económicamente al Atlante FC, decidió dejar la totalidad de las acciones del club a su socio y amigo, el empresario Alejandro Burillo Azcarraga, mismo que en ese momento era el dirigente más importante del fútbol mexicano.
José Antonio García siempre se destacó por su visión para lograr contratar jugadores sin mucho cartel, pero que en el Atlante FC lograban destacar y cotizarse en el mercado, para posteriormente ser vendidos a un alto precio a otros clubes, dicha mecánica le generó muchas críticas al directivo, debido a que jamás se logró mantener un equipo sólido por un lapso largo de tiempo.
El arranque deportivo en el Caribe mexicano fue halagador, ya que los potros se coronarían campeones del Apertura 2007.
Días después Toño García anuncia su renuncia irrevocable a cualquier puesto directivo en el club atlantista.