Su primer clásico de Disney fue la película Bernardo y Bianca (1977), aunque en ese mismo año también aportó sus talentos de animador a la película Pedro y el dragón Elliot.
Sin terminar su tarea en El zorro y el sabueso John se fue del estudio para seguir a Don Bluth y Gary Goldman y crear Sullivan Bluth Studios, con el que primero realizaron un cortometraje, Banjo el Gato Vagabundo (Banjo the Woodpile Cat, 1979), con el que John debutó como productor.
También trabajó en las películas Un cuento americano (1986), En busca del valle encantado (1988) y Todos los perros van al cielo (1989).
A partir de entonces trabajó en las películas En busca del rey sol (1991), Pulgarcita (1994), El jardín mágico de Stanley (1994, la última que produjo) y Hubi el Pingüino (1995, su última película con Don Bluth).
Tras el cierre de Sullivan Bluth Studios, John se desvinculó de Don Bluth y Gary Goldman y regresó a Disney, animando a su más conocido personaje, John Smith, en la película Pocahontas (1995).