[1]​ Mantuvo una estrecha relación política y sentimental con la dirigente peronista Alicia Eguren.

[2]​ Cooke nació en La Plata, en una familia de intensa tradición política.

Cooke consideraba que el peronismo debía transformarse en un movimiento revolucionario, y criticaba a la denominada burocracia sindical, brazo fuerte del peronismo ortodoxo, que había crecido mucho entre 1946 y 1955.

Luego de 1955, cuando Juan Domingo Perón debió exiliarse a causa de la Revolución Libertadora, designó a Cooke como su representante en la Argentina y principal líder de la resistencia peronista entre 1955 y 1959 (año en que Cooke debió exiliarse en Cuba), mediante una carta en la que escribió: Buenos Aires Por la presente autorizo al compañero doctor Don John William Cooke, actualmente preso por cumplir con su deber de peronista, para que asuma mi representación en todo acto o acción política.

Tal vez uno de sus escritos más conocidos sea Apuntes para la militancia (1964), donde hace un completo análisis sobre la realidad del peronismo en la época, sus principales adversarios, las relaciones de poder entre las clases sociales argentinas y las estrategias básicas para la resistencia peronista revolucionaria.