Natterer era el zoólogo en la expedición, y acompañó a otros naturalistas incluso a Johann Baptist von Spix y Carl Friedrich Philipp von Martius.

Permaneció en América del Sur hasta 1835, mientras giraba a Viena una colección grande de especímenes, incluyendo nuevas especies como Lepidosiren paradoxa, el lungfish sudamericano que cedió al Naturhistorisches Museum.

No publicó un trabajo de sus viajes, y se destruyeron sus cuadernos y diario en un incendio en 1848.

Se dedicaron varias especies de animales en su nombre incluso después de fallecido; por ejemplo el murciélago Myotis nattereri.

La abreviatura Natterer se emplea para indicar a Johann Natterer como autoridad en la descripción y taxonomía en zoología.