Compuso, entre otras obras, un notable ejemplo de Clavier-Übung, que formó parte de una compilación manuscrita.

[2]​ Tuvo tres hijos varones, también músicos: Johann Samuel (1694-1720), que fue músico y profesor en Sondershausen y Gundersleben, Johann Christian (1696-?

), que fue músico en Sondershausen, y Johann Günther (1703-1756), que fue intérprete de viola y tenor además de profesor en Erfurt alrededor de 1735.

Se conservan en la Universidad de Yale dos importantes compilaciones de música para órgano manuscritas por Johann Christoph Bach, con obras suyas, y sobre todo de Johann Sebastián Bach, Johann Pachelbel, Johann Caspar Ferdinand Fischer, Dietrich Buxtehude, Georg Caspar Wecker, Friedrich Wilhelm Zachow, Johann Krieger, Andreas Werckmeister y Johann Heinrich Buttstett, entre otros maestros del siglo XVIII.

Estos manuscritos quedaron en Gehren, seguramente en manos de su hijo Johann Günther, y pasaron después a formar parte de la colección del compositor americano de himnos religiosos y gran estudioso de la música religiosa centroeuropea durante el siglo XIX, Lowell Mason, que fue donada a Yale por sus herederos.